Kontupohjan evankelis-luterilainen seurakunta on täyttänyt 30 vuotta. Seurakunta onnitteli seurakuntalaisiaan merkkipäivän johdosta VKontakte-sivullaan.
Eestin evankelis-luterilaisen kirkon Kontupohjan seurakunta rekisteröitiin virallisesti vuonna 1990. Seurakunnan ensimmäinen pappi oli suomalainen pastori Oiva Hujanen. Neuvostoliiton hajoamisen jälkeen seurakunta liittyi uudelleen perustettuun Inkerin evankelis-luterilaiseen kirkkoon.
Alussa seurakunnalla ei ollut omia tilojaan. Vasta vuonna 1993 vuokrattiin Gorkinkadulla sijaitsevan entisen kaupan tilat. Myöhemmin esille nousi kysymys oman kirkon rakentamisesta. Vuonna 1997 Joensuussa käynnistettiin rakennushanke ja alettiin kerätä rahaa kirkon rakentamiseksi.
Suomalaisen arkkitehdin Sakari Kokkosen suunnittelema hanke oli hyväksytty vuonna 2000. Kirkon rakennustyöt alkoivat lokakuussa 2002.
21. marraskuuta 2004 Inkerin evankelis-luterilaisen kirkon piispa Aarre Kuukauppi ja Kuopion hiippakunnan piispa Matti Sihvonen vihkivät kirkon. Kontupohjan kirkko on Karjalan suurin luterilainen kirkko.